發揚耶穌基督救世愛人精神，效法馬偕博士「寧願燒盡、不願銹壞」典範，以培育愛人如己、關懷弱勢的醫護專業菁英。

馬偕醫學院校區座落於風景優美、民風純樸的新北市三芝區，面積十九公頃，緊臨同樣是馬偕紀念社會事業基金會所設創設的馬偕醫護管理專科學校，是個非常適合學習的好環境。校舍建築立面延續馬偕精神，參考「牛津學堂」、「英國領事館」等建築風格，典雅富人文氣息，與自然環境融合成一體。將來兩校合併成立馬偕大學，全校面積廣達三十一公頃，全部座落於平緩的山坡地帶，面向台灣海峽，山巒起伏，藍天碧海，視野遼闊，形成最優良之學習與活動空間。

馬偕醫學院與陽明大學策略聯盟，在師資與課程上由陽明大學提供支援。以一流之教學資源、課程規劃、建築設計、合理的生師比例、豐富的學習資源等，成為一流的醫學院，期能與國際名校相匹比。同時和國外知名大學洽商合作，尤其將經由基督長老教會的國際資源與著名基督教大學結盟。並以馬偕紀念醫院為學生實習場所，也將與其他醫學中心系統的彰化基督教醫院和新樓醫院策略合作。馬偕醫學院之畢業生馬偕紀念醫院將優先晉用。